传统中医学的哲学基础是中国古代哲学。中国古代哲学看待世界是以一种内在的观点，也就是人/主体和自然/客体是在一起的，是不可分割的整体。中国古代人就是从这个不可分割的整体内部来观察世界。他们是以一种心内体验的感觉来认识世界。这大概也就是“天人合一”的基本出发点。在他们的心中，这个世界，如自然、社会、人体等，是一个互相关联的、永远变化的整体，包括正在思考的人。由于中国古代文化的具体情况，这套哲学体系是以“气、阴阳、五行、八卦、道”等一些比较模糊的概念和描述方法来表达的。典型的代表就是“易经”学说。
这套哲学体系一直是中国古代几千年来社会发展的主要指导思想。在古代对那些纷繁复杂的世界了解还很不深入、具体的条件下，这套哲学体系能够比较好地指导人们的活动，满足人们实际生产、生活的需要。在这个哲学体系的指导下，古代中国的科学技术曾经为世界文明的发展做出过辉煌的贡献。
中医学就是以这种内验的、整体的、变化的哲学观念来看待人体健康运行和疾病诊断治疗的医学。在中医学理论中，医者、病人和周围的环境是一个不可分割的整体。人体就是在这样一个不可分割的整体环境中运行。而人体的每个部分器官的运行也是和人体其它器官、人体的整体，甚至和周围的整体环境也是密不可分的。中医学认为人体和宇宙一起有一个平衡、协调的运行规律，而疾病的产生是因为人体的运行和宇宙整体的运行不协调。只要调整好身体的平衡，让身体的运行与周围的世界协调起来，就可以防止生病、治疗疾病。
传统中医的医生在给病人看病时，也不是像西医把病人看成一个研究对象，从外面来检查病人。而是通过望、闻、问、切来体验病人的身体情况，特别是当医生气定神凝地通过切脉来感觉病人的身体情况时，仿佛与病人的身体连接为一体。在对病人进行诊治时，也必须考虑病人生活的自然和社会环境。在开药方时，不仅要考虑病情，可能还要考虑气候、甚至药材的产地和采集的时间等。
虽然传统中医学也采用了古代哲学相应的“气、阴阳、五行”这些模糊的概念和描述方法，但是由于这种整体的、辩证变化的哲学观念的正确性，传统中医学在古代中华民族的健康维护和医疗服务中取得了非常好的成果。
然而随着人类对世界的认识不断深入，这套概念比较模糊、描述方法抽象的哲学体系不能满足科学发展的需要。在一定的程度上也成为制约古代中国科学技术向现代化发展的因素。
近几百年来发展起来的现代科学体系是在古代希腊哲学思想的指导下发展起来的。古代希腊哲学对自然的看法是外视性的，人作为思考的主体，自然作为被考察的客体。西方哲学思想和基督教精神结合发展出了现代科学，他们认为世界是按照上帝制定的完美的、不以人的意志而改变的客观规则运行。人类认识自然就是发现这些规律，并且用严密的科学语言（如数学语言）来描述它。人类认识了自然规律，就可以利用这些规律来使自然为人类服务。“知识就是力量”代表了典型的西方科学观念。
现代科学体系是在科学理论、实验、技术之间的有机结合中建立起来的。它要求科学理论必须是逻辑构造型的，以严密的逻辑推理为理论描述基础。实验必须建立在受控过程的基础上，必须要能够被重现的实验结果才被认为是有科学价值的。科学实验过程要自觉地物化成仪器运行过程，避免人为的因素影响实验结果，操作和观察要尽可能客观化、社会化。使用仪器，特别是在现代科学技术支持下发展的科学仪器，是现代科学体系发展的最有力的手段。同时科学知识不断地发展为技术，服务于社会的生产和生活，也是现代科学体系的特点。现代科学技术的发展对当今人类社会的生产和生活方式带来巨大的改变，科学技术已经成为人类社会进步的重要因素。
现代西医学是在现代科学体系内的一门关于人体健康运行和疾病的诊断治疗的医学。现代西医学与其它各现代科学学科的思想一样。它是把人体作为客观的研究对象，通过各种科学仪器进行全面的实验和观察，找出其中的自然规律，然后进行理论总结发展起来的学科。它具有分科细致、理论详尽、实验数据充分、与现代技术紧密结合的的特点；是当前人类健康维护和疾病治疗的主要医学模式。所以往往只有在与其它模式的医学一起讨论时才被称为“现代西医学”，一般就简称为“现代医学”。
然而医学科学也有与其它科学不同的特点。它的研究对象是一个复杂变化的人体系统。人体的各项生化指标几乎是随时在根据人体对周围环境的适应而发生变化，特别是人类的思想精神因素对身体的影响更加是难以精确描述。所以医学并不能像其它学科那样得出对人体精确的数学描述。而各项实验的结果也不是能够精确地被重复出现，往往都是通过一些统计数据来分析人体状况和疾病情况。所以，即使是现代西医学理论也不能完全符合现代科学的定义。只不过现代西医学的建立方法，理论思路和与其它学科是一致的，都是按照现代科学体系的思想来的。所以它容易实现与现代科学技术紧密结合，互相促进地发展。而传统中医是按照中国古代哲学方法和中国古代文化语言来建立它的理论体系，与现代科学体系有比较大的差异，所以不容易与现代科学技术紧密结合，实现互相促进地发展。
其实，传统中医与西医一样都是以人体的运行和疾病为研究对象的，只不过研究方法、描述方式和处理手段的不同。对于传统中医的理论发展状况使我想起了中国的一个寓言叫“买椟还珠”。一些人把传统中医的“气、阴阳、五行”描述方式认定为中医的不可改变的哲学基础，这样就使得传统中医真正的优秀核心思想不能与现代科学技术紧密结合，极大地阻碍了中医学的发展。传统中医理论的“气、阴阳、五行”只不过是它的“椟”，它的一种表达形式。而真正对中医的医疗起作用的是它的整体和辩证的哲学思想和由此发展起来的医疗技术，这才是中医散发光彩的“珠”。如果死守着阻碍中医现代化的“气、阴阳、五行”描述方式，就有些像“买椟还珠”的不明智的人。
事实上现在医学界已经比较重视整体和辩证的医学观念。很多西医的医生在医疗实践中也经常采纳了整体和辩证的医疗思想，甚至直接采用传统中医的经络、针灸、按摩等医疗技术和中医药。而很多中医医生也把现代医学的仪器诊断数据作为验证中医诊断的重要依据。在中医学领域也产生了很多与现代科学技术紧密结合的成果，如以计算机系统为基础的“中医机器人”；带计算机中医专家系统的脉诊仪；中医经络的人体供血系统的谐振学说解释等等。这些成果也说明传统中医的哲学思想和诊疗技术是能够与现代科学技术紧密结合的。
因此在传统中医现代化的过程中，必须认清那些整体和辩证的哲学思想才是传统中医中关系到人体健康和疾病治疗的需要坚持的核心思想。而那些由于中国传统文化而产生的描述方式是可以用现代科技体系的方法加以改变的东西。在这样一种指导思想下，对传统中医的基础理论和诊疗理论进行改进和发展，才能够使得传统中医学中的散发光彩的“珠”，在现代科学技术的各门学科的支持下发挥出更加积极的作用。如果死守着阻碍中医现代化的“椟”，而阻隔了“珠”的光彩，中医就只能成为陈列在博物馆中的文化遗产，而不是广大老百姓需要的，能够解决人体健康和疾病诊疗的现代医学。